Действие игры разворачивается в двух параллельных мирах — Старке, антиутопичном будущем Земли, и Аркадии, его магическом мире-двойнике. Сюжет Chapters продолжает начатую в Dreamfall историю, главная героиня которой, Зои Кастильо, раскрыла преступный заговор с целью кражи снов обитателей обоих миров и захвата власти над ними, но была предана и брошена в коме в конце предыдущей части. В Chapters ей предстоит заново найти своё предназначение в жизни, и создатели описывают главную тему игры как «главы/периоды жизни».